Ang pangalang Marcilla ay nanggaling sa magkasintahang Mar at Celia, dati itong Sitio Tiwal-walan, ang Barangay Marcilla ay malimit lusubin ng mga Muslim noong panahong iyon. Taong 1905 lumipat ang mga tao galing Banuang Daan kasabay ng pagkakatayo ng kanilang simbahan.  Ang founder ng Barangay na ito ay sina Etong Salva at Ceferino Cuizon.  Noong 1920 naitayo ang Elementary School,  Taong 1959,  nang nagkaroon ng mina ng manganese sa Sitio Dapdapan at Sitio Toob kasabay nito ay nagkaroon ng malakas na bagyo na maraming pinsala ang naidulot sa mga mamamayan lalung-lalo na sa mga pananim.

Taong 1965 nakaroon ng maraming dayuhang galing sa Lucena at Cebu na gumamit ng sodium cyanide na lubhang ikinasira ng likas yamang dagat na nakaapekto sa kanilang ikinabubuhay. Taong 1969, 2004 at 2005 nagkaroon naman ng matinding peste sa mga pananim. Sa taong 2005 ay nabuksan ang kalsada mula Bayang ng Coron hanggang Barangay Marcilla, at taong 2006 ay nagkaroon ng Jeep na sinasakyan ng mga residente ng Barangay na pumupunta ng Bayan. 

Taong 2011 ay nagkaroon ng kuryente ang Barangay Marcilla at ilang mga kalsada narin ang nasimento. Taong 2013 isa ang Barangay Marcilla sa tinamaan ng malakas na bagyo (Yolanda), maraming mga kabahayan at mga pananim ang nawasak/napinsala.

Taong 2016 ay nagkaroon ng Marine Protected Area (MPA) ang Barangay Marcilla, dahil narin sa kagustuhan ng Mamamayan at ng Pamahalaang Barangay  sa tulong narin malampaya foundation inc. Taong 2019 ay pinagkalooban ng Pamahalaang Bayan ng Coron ang Barangay ng Bagong health Center at sa taong din ito ay napagkalooban ng ng proyekto ang Barangay na mula sa province ng isang Covered Court ngunit ito ay natigil sa kapariho ring taon at ipinagpatuloy sa taong 2023 at sa kaparihong taon din natapos.

Taong 2019 ay lumaganap ang sakit na tinawag na COVID-19, ito ay nagging Pandemya dahil hindi lamang Pilipinas, kundi lahat ng mga bansa ay naapektuhan dahil sa mabilisang pagkalat nito. Ang mga sintomas nito ay sipon, ubo at lagnat. Dahil sa wala pang bakuna ay limitado lang ang paglabas ng bahay, dahil dito ay maraming mga mamamayan ng barangay ang nawalan ng trabaho dulot ng pandemya na tumagal hanggang 2022.

Taong 2021 ay napagkaloobang muli ang Barangay ng proyekto na mula sa Pamahalaang panlalawigan ng isang Barangay hall at natapos sa taong din ito. Taong 2022 ay nagkaroon na ng High School sa Barangay, ang Coron School of Fisheries Marcilla-extension. 

Nakapagpatayo na rin ng mga imprastraktura sa barangay kagaya ng:

Ang Barangay Marcilla ay nahahati salimang (5) purok na may iba’t-ibang mga Sitio Tulad ng mga sumusunod:

Ang unang nanungkulan sa barangay bilang Tinyente del Barrio ay si Jose Longsod, sumunod na namuno ay si Ceferino Cuizon, sinundan siya ng mga sumusunod: